Sentinelle Refuges . module ○

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L'infrastructure pour la communauté scientifique partenaire. Datasets ouverts sous licence Creative Commons, bibliographie annotée, API REST documentée pour ingérer ou consulter les données. Cette page montre la forme prévue. Les téléchargements et les endpoints actifs seront livrés au fil des partenariats.

Datasets ouverts

Six jeux de données publiables sous CC-BY 4.0. Téléchargements actifs pour les fichiers présentés à titre d'exemple.

Identifiant Description Format Licence DOI Action
refuges-pyrenees-2026 Refuges climatiques modélisés du massif, V1.0 GeoJSON CC-BY 4.0 10.5281/zenodo.10481234 ↓ Télécharger
stations-microclimat-2025 Réseau de capteurs TMS-4, métadonnées et positions CSV + GeoJSON CC-BY 4.0 10.5281/zenodo.10481235 ↓ Télécharger
observations-validees-2025 Observations naturalistes validées, format Darwin Core Darwin Core Archive CC-BY 4.0 10.5281/zenodo.10481236 accès chercheur·e
connectivite-refuges-2026 Lignes de connectivité fonctionnelle entre refuges GeoJSON CC-BY 4.0 10.5281/zenodo.10481237 accès chercheur·e
temperatures-15min-2024-2025 Séries temporelles 15 min, sept stations Néouvielle NetCDF CC-BY 4.0 10.5281/zenodo.10481238 accès chercheur·e
fiches-especes-indicatrices Fiches détaillées des espèces indicatrices retenues JSON-LD CC-BY 4.0 10.5281/zenodo.10481239 accès chercheur·e

Bibliographie annotée

Sélection de douze références qui structurent la conception du projet. DOI vérifiés et actifs.

Refuges climatiques

  • Morelli, T. L., Daly, C., Dobrowski, S. Z., Dulen, D. M., Ebersole, J. L., Jackson, S. T., et al. (2016). Managing climate change refugia for climate adaptation. PLOS ONE, 11(8), e0159909. doi:10.1371/journal.pone.0159909

    Texte fondateur sur la gestion des refuges climatiques. Pose les bases conceptuelles que reprend Sentinelle Refuges.

  • Keppel, G., Van Niel, K. P., Wardell-Johnson, G. W., Yates, C. J., Byrne, M., Mucina, L., et al. (2012). Refugia: identifying and understanding safe havens for biodiversity under climate change. Global Ecology and Biogeography, 21(4), 393–404. doi:10.1111/j.1466-8238.2011.00686.x

    Synthèse conceptuelle de référence. Distingue refuges in situ et ex situ, refuges paléo et néo-climatiques.

  • Stewart, J. R., Lister, A. M., Barnes, I., Dalén, L. (2010). Refugia revisited: individualistic responses of species in space and time. Proceedings of the Royal Society B, 277(1682), 661–671. doi:10.1098/rspb.2009.1272

    Refonde la notion de refuge en l'individualisant par espèce. Justifie l'approche par espèces indicatrices retenue par Sentinelle Refuges.

  • Suggitt, A. J., Wilson, R. J., Isaac, N. J. B., Beale, C. M., Auffret, A. G., August, T., et al. (2018). Extinction risk from climate change is reduced by microclimatic buffering. Nature Climate Change, 8, 713–717. doi:10.1038/s41558-018-0231-9

    Montre empiriquement que les microhabitats tamponnent le risque d'extinction. Justifie l'effort de mise en réseau.

Microclimat et capteurs

  • Lembrechts, J. J., Aalto, J., Ashcroft, M. B., De Frenne, P., Kopecký, M., Lenoir, J., et al. (2020). SoilTemp: A global database of near-surface temperature. Global Change Biology, 26(11), 6616–6629. doi:10.1111/gcb.15123

    Présentation de la base SoilTemp internationale. Sentinelle Refuges s'aligne sur ses standards et verserait ses données.

  • Maclean, I. M. D., Mosedale, J. R., Bennie, J. J. (2019). Microclima: An R package for modelling meso- and microclimate. Methods in Ecology and Evolution, 10(2), 280–290. doi:10.1111/2041-210X.13093

    Outil R de référence pour modéliser le microclimat à très haute résolution. Servirait de moteur à l'atlas dans une mise en œuvre réelle.

  • Wild, J., Kopecký, M., Macek, M., Šanda, M., Jankovec, J., Haase, T. (2019). Climate at ecologically relevant scales: A new temperature and soil moisture logger for long-term microclimate measurement. Agricultural and Forest Meteorology, 268, 40–47. doi:10.1016/j.agrformet.2018.12.018

    Description du capteur TMS-4 utilisé par Sentinelle Refuges. Standard de fait en écologie microclimatique.

  • De Frenne, P., Zellweger, F., Rodríguez-Sánchez, F., Scheffers, B. R., Hylander, K., Luoto, M., et al. (2019). Global buffering of temperatures under forest canopies. Nature Ecology & Evolution, 3, 744–749. doi:10.1038/s41559-019-0842-1

    Quantifie l'effet tampon des canopées forestières. Argument clef du module Diagnostic pour les vieilles hêtraies.

Validation par observation

  • Barrows, C. W., Ramirez, A. R., Sweet, L. C., Morelli, T. L., Millar, C. I., Frakes, N., et al. (2020). Validating climate-change refugia: empirical bottom-up approaches to support management actions. Frontiers in Ecology and the Environment, 18(5), 298–306. doi:10.1002/fee.2205

    Identifie le manque de validation bottom-up des refuges modélisés. C'est la lacune que les modules Excursions et Validation adressent.

Pyrénées et biogéographie

  • García, M. B., Domingo, D., Pizarro, M., Font, X., Gómez, D., Ferré, A. (2020). Rocky habitats as microclimatic refuges for biodiversity. A close-up thermal approach. Environmental and Experimental Botany, 170, 103886. doi:10.1016/j.envexpbot.2019.103886

    Travaux pyrénéens sur les habitats rocheux comme refuges microclimatiques. Référence pour les fissures fraîches calcaires que cherche le module Validation.

  • Schmitt, T. (2009). Biogeographical and evolutionary importance of the European high mountain systems. Frontiers in Zoology, 6, 29. doi:10.1186/1742-9994-6-29

    Replace les Pyrénées dans le réseau européen des massifs comme refuges glaciaires et zones de spéciation.

  • Jiménez-Alfaro, B., Abdulhak, S., Attorre, F., Bergamini, A., Carranza, M. L., Chiarucci, A., et al. (2021). Post-glacial determinants of regional species pools in alpine grasslands. Global Ecology and Biogeography, 30, 1101–1115. doi:10.1111/geb.13274

    Pyrénées comme pool spécifique post-glaciaire. Cadrage biogéographique pour la stratégie de connectivité du projet.

API . accès programmatique

Documentation provisoire d'une API REST à venir. Authentification par token, rate limiting, format JSON.

API en développement Accès chercheur·es ouvert au cas par cas auprès de l'équipe. Limite actuelle, dix endpoints, mille requêtes par jour.